Учёные выявили, как изменения числа копий генов влияют на иммунный ответ при раке

Международная группа исследователей представила новые данные о том, как изменения числа копий генов в опухолях связаны с особенностями иммунного ответа. Работа, опубликованная в журнале npj Systems Biology and Applications, посвящена изучению транскриптомных паттернов, которые формируются при высокой степени геномной нестабильности и могут влиять на эффективность иммунотерапии.


Известно, что опухоли с выраженными изменениями числа копий генов часто слабо отвечают на лечение ингибиторами иммунных контрольных точек. Однако механизмы, лежащие в основе этого явления, до сих пор оставались недостаточно понятными. Чтобы восполнить этот пробел, авторы исследования сосредоточились на анализе того, как такие генетические перестройки отражаются на активности генов, связанных с противоопухолевым иммунитетом.

Для этого учёные применили метод консенсусного анализа независимых компонентов и обработали почти 300 тысяч транскриптомных профилей, полученных из данных общей популяции. Такой масштабный подход позволил выделить устойчивые транскрипционные паттерны, связанные с иммунной системой, и оценить их прогностическую ценность. Авторы показали, что выявленные сигнатуры воспроизводимы на разных технологических платформах и применимы как к данным bulk-транскриптомики, так и к результатам одноклеточного и пространственного анализа экспрессии генов.

Анализ продемонстрировал, что высокая степень изменений числа копий генов по-разному влияет на иммунную среду опухолей в зависимости от типа рака. При этом были обнаружены как положительные, так и отрицательные ассоциации между уровнем CNA и иммунной активностью. В ряде случаев увеличение числа геномных перестроек сопровождалось усилением иммуносупрессии, включая рост популяций регуляторных Т-клеток и клеток, продуцирующих интерлейкин-17, что может снижать эффективность противоопухолевого иммунного ответа.

По мнению авторов, полученные результаты подтверждают, что CNA играют более сложную роль в формировании иммунного микроклимата опухоли, чем считалось ранее. Созданный ими ресурс и классификация транскрипционных паттернов на иммуносупрессивные и иммуностимулирующие могут стать основой для поиска новых стратегий повышения эффективности иммунотерапии, особенно у пациентов с опухолями, характеризующимися высокой геномной нестабильностью.

Исследователи рассчитывают, что дальнейшее использование этих данных поможет точнее прогнозировать ответ на иммунотерапию и приблизит разработку персонализированных подходов к лечению онкологических заболеваний.

Читайте также: